학교우유급식을 신청하려면 먼저 해당 학교가 우유급식 사업에 참여 중인지 확인한 후, 학교나 교육청을 통해 안내되는 절차에 따라 신청을 진행해야 한다.

신청은 대부분 학기 초나 연초에 접수되며, 학생 또는 보호자가 학교에서 배포하는 우유급식 참여 신청서 또는 보호자 동의서를 작성하여 학교 행정실에 제출하는 방식으로 이루어진다.

일부 지자체나 교육청에서는 온라인 신청 시스템을 도입하여 전자 신청이 가능하도록 운영하고 있으며, 신청 기간과 방법에 대한 안내는 가정통신문, 학교 홈페이지, 문자 알림 등을 통해 제공된다.

저소득층, 차상위계층, 한부모 가정, 장애인 가정 자녀 등 지원 대상자로 분류되는 경우에는 소득 증빙 자료나 관련 서류를 함께 제출해야 하며, 이 자료는 학교 또는 관할 교육지원청에서 심사하게 된다.

신청 접수가 완료되면 학교는 신청자 명단과 관련 정보를 정리하여 관할 교육청 또는 우유 공급 업체에 전달하고, 이후 학생에게 정기적으로 우유가 배달되도록 조치한다.

학기 중간에도 신청이 가능한 경우가 있으며, 주소 이전, 학교 전학, 건강상의 사유 등으로 참여 여부에 변경이 생기면 중도 신청 또는 해지가 가능하다.

우유에 알레르기가 있거나 유당불내증이 있는 학생은 급식 참여 대신 별도의 불참 확인서 또는 의사 소견서를 제출하여 예외 처리를 받을 수 있으며, 학교는 이와 같은 학생을 대상으로 대체 급식 안내나 보완 조치를 실시하는 경우도 있다.